新税法的慈善悖论
民政部法制办处长吴明认为，对基金会征收与普通企业一样的所得税，于法理上也不通。民政部是国内基金会的主管部门。
吴明认为，作为非营利机构，基金会的投资经营，严格来讲是对社会公共财产保值增值。也就是说，基金会的资金来源是别人捐赠的，获得的收入也全部用于公益事业。这与一般意义上的企业营利活动，不是同一种行为。
而且，基金会的资金来源不能仅仅依靠募款。吴明说，募捐只是其中的一种手段，肯定还需要由一些专业的投资人员去规划，让资金保值增值，但与一般竞争性企业获取投资回报不同，慈善基金投资的目的是为了做大公益事业。
吴明认为，政府从基金会的投资收入中拿走一部分税收，其用途无外乎是用于公共和公益事业，这与基金会的目标是一样的，都是为民做事，因此“至少由原始基金运作的这部分营利性收入，不应该缴税”。
中国红十字基金会秘书长王汝鹏赞同吴明的观点，“政府如果从我们这里收税，然后再去分配给希望小学，再分配给教育、卫生，那成本该有多高？”他认为，政府在从事公益事业时的效率并不高，不如让更节约成本的公益组织去做。
而且，法律、法规应该平等地适用于所有主体，同样的活动给予同样的待遇。中国社会科学院《中国社会科学》副主编吴玉章研究员认为，按照新实施的《企业所得税法》，一方面是企业捐助公益事业可以按照12％税前扣除，而另一方面公益组织的经营收入却要缴纳25%的所得税。
吴玉章说，这两种情况实际上都是公益活动，对同样的活动实施两种差距很大的税收政策，并不符合法律的平等精神。
此外，据北京大学基金会法研究中心副主任金锦萍教授介绍，为了支持公益基金会的发展，世界各国普遍对基金会投资收益实行税收优惠政策。美国私立基金会只缴纳相当于净投资收益1%-2%的消费税。金锦萍曾参与起草《慈善法》。
一位参与企业所得税法和其实施条例起草工作的官员表示，在起草企业所得税法的时候，就觉得把公益基金会与其他类型的税收优惠放在一起并不是很合适，“但可能是由于财政部和税务总局对公益事业部门并不是很了解，当时财税部门也很难分清公益单位的收入哪些是用于公益事业”。
另外，也有个别单位打着公益活动的幌子，从事非公益的经营活动，所以财税部门才会比照类似刑法中有罪推定的原则，做出了现在的规定。
政协委员建议免税
王汝鹏用“悲壮”来形容南都基金会主动提出缴税300万元的行为。作为南都基金会的负责人，徐永光说他希望通过南都的案例引起有关部门和社会对这个问题的关注。
同为全国政协委员，徐永光和王名都表示会在今年3月召开的两会上提交提案，建议对基金会的投资经营收入免征所得税，或者给予合理的税收优惠。
与此相配合的是，青基会等公募基金会，与南都等非公募基金会都表示，要在近期联合给税务和民政部门写报告反映这个问题。
“有关部门今年必须得解决这个问题。”金锦萍说，按照税务部门的规定，纳税人要在2009年的4月30日前进行纳税申报。因此，有关部门必须要在此之前解决这个问题，否则基金会在2008年就没有办法做账。
王名则给基金会带来了一个积极的消息。他透露相关部门正在讨论公益认定的问题。
